ПРИКЛАДНОЕ  ПРОГРАММНОЕ  ОБЕСПЕЧЕНИЕ  НКС-30Т
ПАКЕТЫ  ПРИКЛАДНЫХ  ПРОГРАММ


ANSYS CFD 14.5.
Технология ANSYS CFD открывает доступ к хорошо известным программным продуктам ANSYS FLUENT и ANSYS CFX. Это основные продукты для задач гидрогазодинамики общего назначения, предлагаемые компанией ANSYS, Inc.

Оба решателя разрабатывались в течение десятилетий независимо друг от друга и обладают несколькими существенными отличиями, несмотря на некоторые схожие черты. Оба модуля основаны на методе контрольных объемов, дающем высокую точность, и используют решатель по давлению, что позволяет применять эти продукты для решения широкого круга инженерных задач. Основные отличия состоят в способе интегрирования уравнений течения жидкостей и в стратегиях решения уравнений.

Решатель ANSYS CFX использует сетку конечных элементов (числовые значения в узлах сетки), схожую с теми, что используется в анализе прочности, для дискретизации области. В отличие от ANSYS CFX, решатель  ANSYS FLUENT использует сетку конечных объемов (числовые значения в центрах ячеек). В итоге оба подхода формируют уравнения для конечных объемов, которые обеспечивают сохранение значений потока, что является необходимым условием для точных решений задач гидрогазодинамики. В ANSYS CFX особый упор сделан на решение основных уравнений движения (сопряженная алгебраическая сетка), а ANSYS FLUENT предлагает несколько подходов к решению (метод на основе плотности, расщепленный метод на основе давления, сопряженный метод на основе давления). Оба решателя содержат в себе самые ценные возможности физического моделирования для получения максимально точных результатов.

Официальный сайт - http://www.ansys.com/
Краткая инструкция по запуску программ
Вопросы по ППП - chernykh@ssd.sscc.ru
 


GAUSSIAN 09.
Программный пакет для расчета структуры и свойств молекулярных систем в газофазном и конденсированном состоянии, включающий большое разнообразие методов вычислительной химии, квантовой химии, молекулярного моделирования. Создан нобелевским лауреатом Джоном Поплом и его исследовательской группой и с тех пор постоянно обновляется. Текущая версия — G09.

Реализованные методы:
1.Методы молекулярной механики: AMBER, UFF, DREIDING
2.Полуэмпирические методы: AM1, PM3, PM6, CNDO, INDO, MINDO/3, MNDO, ZINDO
3.Неэмпирические методы: RHF/UHF, MP2 (MPn), CC, CASSCF, CI, GVB, BD, OVGF
4.DFT и TD с использованием большего количества простых и гибридных локальных и градиентно-корректированных функционалов
5.Гибридные методы: ONIOM[2]
6.Неэмпирическая молекулярная динамика: ADMP, BOMD
7.Расчетные методы точных значений термохимических величин и энергий: Gaussian-1, Gaussian-2, Gaussian-3, CBS, W1

Установлено в ССКЦ:
Gaussian 09 Rev. D.01 w/LINDA, 2013 г.
TCP Linda — пакет параллельного запуска G09 на кластере
Архитектура:EM64T-SSE4/Linux

Для работы с Gaussian 09 пользователь должен быть включен в группу g09.
Скрипт subg09l для запуска задания Gaussian 09 и инструкцию по работе со скриптом разработал к.х.н Александр Аркадьевич Шубин, ИК СО РАН.

Официальный сайт - http://www.gaussian.com/
Краткая инструкция по запуску программ
Полезная информация:
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_running.htm
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm
 


GROMACS 4.6.
Пакет молекулярной динамики для моделирования физико-химических процессов, первоначально разработанный группой Германа Берендсена из департамента биофизической химии Гронингенского университета, сейчас развивается и поддерживается благодаря усилиям энтузиастов из разных стран, включая университет Уппсалы, Королевский технологический институт. Пакет предназначался в основном для моделирования биомолекул (белки и липиды), имеющих много связанных взаимодействий между атомами, но так как GROMACS обеспечивает высокую скорость расчётов для несвязанных взаимодействий. Считается, что это один из самых быстрых инструментов. GROMACS является свободным программным обеспечением с открытым исходным кодом, выпущенным под лицензией GPL.

Официальный сайт - http://www.gromacs.org/
 

 

БИБЛИОТЕКИ  ПРИКЛАДНЫХ  ПРОГРАММ,  СОЗДАННЫЕ  В  ИМВиМГ СО РАН


PARMONC.
Библиотека программ для распределенных вычислений по методу Монте-Карло
Автор - к.ф.-м.н. Михаил Марченко
     Библиотека PARMONC предназначена для использования на кластерах ССКЦ КП СО РАН для распараллеливания широкого круга трудоемких приложений метода Монте-Карло.
     «Ядром» библиотеки является тщательно протестированный, быстрый и надежный длиннопериодный генератор псевдослучайных чисел, разработанный в Лаборатории методов Монте-Карло ИВМиМГ СО РАН.
     Библиотечные подпрограммы могут быть использованы в пользовательских программах, написанных на языках C, C++ и Fortran, причем от пользователя не требуется знание языка MPI. В процессе счета происходит автоматическое получение выборочных средних и границ погрешностей для статистических оценок, алгоритм моделирования которых задается в пользовательской подпрограмме. Имя такой подпрограммы передается в качестве аргумента в соответствующую библиотечную подпрограмму. В процессе счета результаты вычислений периодически сохраняются на жестком диске в удобном для дальнейшей обработки виде. Библиотечные подпрограммы автоматически распределяют вычислительную нагрузку по процессорам кластера. С помощью библиотеки PARMONC можно легко организовать продолжение ранее проведенных расчетов с автоматическим учетом их результатов. Также с помощью библиотеки можно получать коррелированные статистические оценки различных функционалов.
     Библиотека установлена на кластере НКС-30Т ССКЦ СО РАН в директории  /ifs/apps/parmonc/.
     Краткое описание библиотеки.
     Полная документация (.
pdf, 2.5 Мб)
     Свои вопросы и предложения можно отправлять автору по следующим электронным адресам:

     mam@omsf.sscc.ru, marchenko@mail.ru
 


KRYLOV
– библиотека итерационных решателей больших систем линейных алгебраических уравнений.
     Библиотека Krylov предназначена для решения больших систем линейных алгебраических уравнений (СЛАУ) с разреженными квадратными невырожденными вещественными матрицами на ресурсах кластера НКС-30Т. Библиотека позволяет использовать как решатели с распараллеливанием средствами OpenMP, так и методы, основанные на алгебраической декомпозиции областей и работающие в среде MPI. Возможно решение СЛАУ с одной матрицей и несколькими правыми частями.
     Библиотека Krylov установлена в директории /ifs/apps/krylov, доступной на всех узлах кластера НКС-30Т.
     Краткое описание библиотеки.
     Полная документация (.pdf, 146 Кб)
     Свои вопросы и предложения можно отправлять авторам по адресу krylovdevteam@gmail.com.
 


AGNES.
Среда AGNES, написанная на JAVA c использованием пакета JADE, позволяет создавать имитационные модели систем с дискретными событиями и запускать имитацию этих моделей на кластере ССКЦ СО РАН.
Автор - к.т.н. Дмитрий Подкорытов.
     Подробнее